Проходил в Троице-Сергиевой лавре в г. Загорске (ныне Сергиев Посад) Московской обл. 7-8 июня 1990 г., избрал патриархом Московским и всея Руси митр. Ленинградского и Новгородского Алексия (Ридигера) (см. ст. Алексий II).
3 мая 1990 г., в день кончины патриарха Московского и всея Руси Пимена (Извекова), состоялось экстренное заседание Синода РПЦ. В соответствии с Уставом об управлении РПЦ, утвержденным Поместным юбилейным Собором Русской Православной Церкви 1988 г., на первом после смерти патриарха заседании Синода председательствовал архиерей старейшей Киевской кафедры митр. Филарет (см. ст. Денисенко М. А.), экзарх Украины. Тайным голосованием в 2 тура из постоянных членов Синода он был избран местоблюстителем Патриаршего престола. 7 мая Синод вынес постановление о созыве Поместного Собора для выбора нового предстоятеля Русской Церкви в период с 6 по 10 июня 1990 г. Председателем Комиссии по подготовке Собора стал патриарший местоблюститель митр. Филарет. Синод определил правящим архиереям провести до 26 мая епархиальные собрания для избрания делегатов на П. С. по следующей квоте: по одному клирику и мирянину от епархии, а также по одному представителю от мон-рей, духовных академий и семинарий.
Срок в 1 месяц, определенный для подготовки и проведения Поместного Собора 1990 г., был гораздо более коротким в сравнении с Поместными Соборами 1945 и 1971 гг., когда периоды межпатриаршества превышали 8 и 13 месяцев соответственно. Объясняя в интервью от 23 мая 1990 г. корреспонденту ТАСС причины столь быстрого проведения Поместного Собора, Ростовский и Новочеркасский митр. Владимир (Сабодан) указал, что в наст. время Церковь оказалась в «условиях, не имевших прецедента в послереволюционный период». Проходившие в Советском Союзе коренные государственно-политические преобразования, с одной стороны, были отмечены снятием прежних жестких ограничений с общественной жизни, касавшихся в т. ч. церковной деятельности, с др. стороны, сопровождались деструктивными явлениями, в частности захватами правосл. храмов на Зап. Украине представителями Украинской греко-католической Церкви (УГКЦ) и неканоничной Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ). Эти обстоятельства, по словам митр. Владимира, побудили Синод вынести решение о незамедлительном замещении вдовствующего Московского Патриаршего престола. Митр. Владимир отметил, что такая практика принята во мн. Поместных Православных Церквах и не противоречит Уставу об управлении РПЦ. Также митр. Владимир заявил: «То, что избрание нового патриарха произойдет до исполнения 40 дней со дня смерти Святейшего Патриарха Пимена, не ослабит глубины молитв о блаженнопочившем». Митр. Владимир сообщил, что по решению Синода избрание патриарха будет осуществлено тайным голосованием (ЖМП. 1990. № 7. С. 9). По причине краткого срока подготовки к Собору 1990 г. на него в отличие от предыдущих Соборов не было запланировано прибытие в качестве почетных гостей зарубежных делегаций. В работе Собора приняли участие 317 делегатов: 90 архиереев (по болезни не прибыли Рижский митр. Леонид (Поляков) и Цюрихский архиеп. Серафим (Родионов), викарий Корсунской епархии), 92 клирика, 80 мирян, в т. ч. 38 женщин, 39 делегатов от мон-рей и 8 - от духовных школ, 40 чел. представляли зарубежные епархии и благочиния Московского Патриархата. Впервые в послереволюционный период подготовка к Поместному Собору происходила без к.-л. вмешательства гос. властей, предоставивших Церкви свободу выбора своего предстоятеля.
Поместному Собору предшествовал Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 6 июня 1990 г., состоявшийся в Даниловом во имя преподобного Даниила Столпника московском монастыре. Архиерейский Собор обсудил повестку дня предстоящего Поместного Собора, процедуру избрания патриарха и определил 3 кандидатов для выдвижения их на выборы патриарха. В соответствии с Уставом об управлении РПЦ 1988 г. патриархом мог стать архиерей не моложе 40 лет, имеющий гражданство СССР. Подобным требованиям удовлетворяли 75 архипастырей. Согласно действовавшей процедуре голосования, каждый участник Собора мог проголосовать за 1, 2 или 3 архиереев, вычеркивая остальных из списка. Тайным голосованием в 1-м туре кандидатами были избраны Ленинградский митр. Алексий (Ридигер), получивший 37 голосов, и Ростовский митр. Владимир (Сабодан) - 34 голоса, на 3-м месте с равным числом по 25 голосов оказались Киевский митр. Филарет и Крутицкий митр. Ювеналий (Поярков). Для определения 3-го кандидата был проведен 2-й тур голосования, в котором победил митр. Филарет с перевесом в 1 голос (34 голоса). Архиерейский Собор постановил, что Поместный Собор может дополнить число кандидатов.
Поместный Собор открылся 7 июня 1990 г. Божественной литургией в Троицком соборе Троице-Сергиевской лавры, после к-рой в лаврском трапезном Сергиевском храме началось 1-е соборное заседание под председательством местоблюстителя Патриаршего престола. Во вступительном слове митр. Филарет затронул тему единства Церкви и недопустимости церковных расколов. Затем с приветствием от имени Правительства СССР выступил председатель Совета по делам религий (СДР) Ю. Н. Христораднов, к-рый отметил изменение характера государственно-церковных отношений, признав, что ранее существовавшая в СССР «административно-командная система серьезно деформировала их». Христораднов напомнил, что после встречи М. С. Горбачёва и патриарха Пимена в 1988 г., накануне празднования 1000-летия Крещения Руси, Церкви были возвращены тысячи храмов и десятки мон-рей, упомянул, что накануне, 6 июня, был опубликован для общенародного обсуждения проект Закона СССР «О свободе совести и религиозных организациях», к-рый «обеспечит правовые гарантии деятельности религиозных объединений», призвал Церковь к сотрудничеству в преодолении социальной напряженности, в сфере милосердия, духовно-нравственного воспитания, возрождения отечественной культуры, защиты среды обитания, сохранению межнационального мира.
Затем патриарший местоблюститель митр. Филарет выступил с докладом, в к-ром объяснялись причины экстренного характера созыва Поместного Собора. Скорейшее проведение выборов нового патриарха было вызвано необходимостью быстрого решения вопросов высшего церковного управления, связанных с радикальными изменениями церковно-гос. отношений и преодолением деструктивных тенденций, несущих угрозу единству и целостности Церкви. Говоря о положительных переменах в жизни Церкви за 2 года, прошедших с Поместного Собора 1988 г., докладчик отметил передачу верующим многих ранее закрытых храмов и возвращение церковных зданий, массовое появление катехизаторских воскресных школ, открытие 3 духовных семинарий (в Киеве, Минске и Тобольске). В докладе указывалось на то, что «некая ущемленность в правовом положении Русской Церкви» препятствовала ее деятельности в традиционных для всех христ. Церквей областях евангельского просвещения, социального служения, милосердия и благотворительности, однако обновление «обветшавших форм церковно-государственных отношений» благоприятствует переменам и в этой сфере. При этом, однако, отмечалось, что «нет ни одной области церковной жизни, в которой Русская Православная Церковь не встречалась бы с многочисленными трудностями и нерешенными вопросами». Особое внимание докладчик уделил обострению межконфессиональной напряженности в зап. областях Украины, где униат. группировки при поддержке местных властей проводили массовый захват правосл. храмов, совершали насилие над клириками и мирянами. Также в докладе говорилось о раскольнической деятельности укр. автокефалистов, которых митр. Филарет тогда назвал «новым вариантом «самосвятов»». Касаясь взаимоотношения с Русской Зарубежной Церковью, докладчик осудил решения Архиерейского Собора РПЦЗ от 16 мая 1990 г. о принятии в общение заштатного архимандрита РПЦ Валентина (Русанцова; впосл. лидер раскольнической Российской Православной автономной Церкви) и об учреждении на территории СССР собственной иерархии. В докладе также говорилось о предстоящем на П. С. общецерковном прославлении в лике святых св. прав. Иоанна Кронштадтского (Сергиева), материалы к канонизации которого были подготовлены по поручению Архиерейского Собора Русской Православной Церкви 9-11 октября 1989 г.
В конце доклада местоблюститель вынес на обсуждение П. С. принятую состоявшимся накануне Архиерейским Собором процедуру избрания на вдовствующий Московский Патриарший престол: 1. Собор тайным или открытым голосованием утверждает список из 3 кандидатов, предлагаемых Архиерейским Собором для избрания из их числа патриарха Московского и всея Руси. 2. Собор вправе в этот список внести дополнительные имена. 3. Для включения дополнительных лиц в список кандидатов проводится тайное голосование: в бюллетень вносятся лица, получившие поддержку не менее 12 членов П. С. Избранными являются кандидаты, набравшие более 50% голосов. 4. Собор тайным голосованием избирает из числа утвержденных им кандидатов одного. 5. Избранным патриархом считается архиерей, набравший более 50% голосов. 6. Если ни один из кандидатов не набрал более 50% голосов, то проводится повторное голосование по 2 кандидатам, набравшим наибольшее количество голосов.
П. С. утвердил предложенную процедуру избрания патриарха. Также были утверждены повестка дня и регламент заседания, состав президиума, секретариата, мандатной, редакционной и счетной комиссий. Дополнительно к 3 кандидатам, избранным на Архиерейском Соборе, участниками П. С. были предложены в качестве кандидатов митрополиты Крутицкий Ювеналий (Поярков), Минский Филарет (Вахромеев), Волоколамский Питирим (Нечаев), Ставропольский Гедеон (Докукин) и Сурожский Антоний (Блум). Кандидатура митр. Антония была отведена председательствующим местоблюстителем митр. Филаретом, т. к. Устав об управлении РПЦ не допускал избрания патриархом лица, не имеющего советского гражданства. Члены Собора предложили изменить этот пункт Устава, но митр. Филарет заявил, что в только что принятой голосованием повестке дня такого пункта нет. По итогам открытого голосования за 4 дополнительно предложенных кандидатов митр. Гедеона поддержали 11 чел. (недостаточно для внесения в списки для тайного голосования), митрополитов Ювеналия - 35 чел., Филарета - 64 чел. и Питирима - 56 чел. Итоги тайного голосования были подведены в тот же день после обеда. Из 316 всех принявших участие в голосовании за митр. Питирима проголосовали 128 чел., за митр. Филарета - 117 и за митр. Ювеналия - 106 чел. Затем возник вопрос, считать ли половину голосов, необходимых для выбора дополнительного кандидата, согласно процедуре, от числа всех голосовавших (316 чел.; в этом случае ни один кандидат не проходил) или от числа действительных бюллетеней (215; тогда проходили митрополиты Питирим и Филарет). Хотя ранее данный вопрос не рассматривался, местоблюститель митр. Филарет по итогам обсуждения объявил, что ни один из дополнительных кандидатов не получил поддержки половины членов П. С. Т. о., в списке для голосования остались 3 кандидата, выдвинутые Архиерейским Собором: митрополиты Алексий (Ридигер), Владимир (Сабодан) и Филарет (Денисенко). Выступивший перед раздачей бюллетеней для голосования по выборам патриарха Могилёвский архиеп. Максим (Кроха) предложил по примеру процедуры Поместного Собора Православной Российской Церкви 1917-1918 гг. определить имя патриарха жребием. Местоблюститель митр. Филарет высказался в пользу этого предложения, но оно не нашло поддержки у др. членов Собора.
Во время подсчета голосов на вечернем заседании 7 июня неск. членов Собора выступили в порядке дискуссии по докладу местоблюстителя. Наиболее острый характер носило выступление Берлинского архиеп. Германа (Тимофеева) с критикой проекта Закона СССР «О свободе совести и о религиозных объединениях». Архиеп. Герман отметил, что в законопроекте ни слова не говорилось о тысячелетнем бытии Русской Православной Церкви, не упоминалось о наличии в стране всемирных религий, внесших многообразный культурный вклад в ее историю. Кроме того, архиеп. Герман обратил внимание на сохранение в проекте закона специфического подхода советского законодательства к Церкви не как к единой иерархической структуре, а как к совокупности религ. общин. Также архиеп. Герман затронул вопрос о гонениях на веру в советскую эпоху и поднял тему прославления новомучеников Церкви Русской. После выступления архиеп. Германа раздались первые на Соборе аплодисменты.
Вечером того же дня, после проведения тайного голосования и подсчета голосов, председатель счетной комиссии Сурожский митр. Антоний объявил результаты голосования по 1-му туру выборов патриарха. 139 голосов было отдано за митр. Алексия (Ридигера), 107 - за митр. Владимира (Сабодана) и 66 - за митр. Филарета (Денисенко). Ни один из кандидатов не набрал 50% голосов, необходимых для избрания в 1-м туре. Кандидатуры митрополитов Алексия и Владимира прошли во 2-й тур голосования. В 22 ч. началось последнее заседание дня, на к-ром митр. Антоний огласил окончательные итоги выборов патриарха. За митр. Алексия во 2-м туре проголосовали 166 чел., за митр. Владимира - 143 чел., 8 бюллетеней оказались недействительными. Патриархом, т. о., стал митр. Алексий. В 22 ч. 20 минут новоизбранный патриарх ответил на обращенный к нему вопрос председателя Собора положенными по чину словами: «Избрание меня освященным Поместным Собором Русской Православной Церкви Патриархом Московским и всея Руси со благодарением приемлю и нимало вопреки глаголю». Колокол Троице-Сергиевой лавры возвестил об избрании нового патриарха. Были составлены Соборный акт об избрании патриарха и адресованная ему соборная грамота, под к-рыми поставили подписи все архиереи - члены П. С. В конце заседания от имени делегатов избранного патриархом митр. Алексия приветствовал старейший по хиротонии участник Собора Оренбургский архиеп. Леонтий (Бондарь). Митр. Алексий совершил благодарственный молебен и обратился с первым словом к членам Собора.
8 июня 2-й день работы П. с. открыл новый председательствующий Алексий, избранный патриарх Московский и всея Руси. Председатель Синодальной комиссии по канонизации святых митр. Ювеналий (Поярков) выступил с докладом о канонизации прот. Иоанна Кронштадтского. По этому докладу П. С. издал Деяние о причислении прав. Иоанна к лику святых РПЦ. На заседаниях в тот день продолжалось обсуждение наиболее серьезных проблем церковной жизни в порядке прений по проектам соборных определений. В основном выступления затрагивали 4 темы: активизация униатов на Зап. Украине, деятельность укр. автокефалистов, взаимоотношения с Зарубежной Церковью и обсуждение проекта Закона СССР «О свободе совести и религиозных организациях». По итогам дискуссии о законопроекте было принято специальное заявление П. С. В нем отмечалось: «Опубликованный проект закона представляет составным частям Церкви (приходам, монастырям, управлениям, центрам, духовным учебным заведениям) право юридического лица, но лишает такового права Церковь как целостную религиозную организацию. Это положение не только продолжает, но еще более узаконивает дискриминационную в отношении Церкви позицию печальной памяти законодательства о культах 1929 г. Как известно, это законодательство отражало враждебные по отношению к Церкви идеологические установки и было направлено на разрушение религиозных структур. Эта «преемственность» старого и нового законов в наиболее важном для Церкви вопросе вызывает у нас тревогу» (ЖМП. 1990. № 9. С. 10). Собор утвердил основные тезисы обращения в Верховный Совет и Совет Министров СССР со следующими пожеланиями по законопроекту: признание в нем юридических прав за Церковью в целом, а не только за ее общинами, предоставление права преподавания религ. предметов в школах (факультативно), признание за Церковью права собственности на церковные здания и др. имущество, к-рые в тот период могли лишь арендоваться.
При обсуждении проблемы отношений с униатами и автокефалистами на Украине возник спор между архиепископами Виленским Хризостомом (Мартишкиным; ныне митрополит) и Тернопольским Лазарем (Швецом; ныне митрополит) о допустимости обращений к гос. властям в случаях межконфессиональных столкновений. Архиеп. Хризостом считал, что делать этого нельзя, архиеп. Лазарь высказал противоположное мнение. На практике, впрочем, при захватах правосл. храмов на западе Украины местные власти обычно открыто поддерживали униатов и автокефалистов, а общесоюзные гос. органы предпочитали не вмешиваться в конфликт. Поэтому обращения к ним за помощью были бесполезны. Отношениям с РПЦЗ были посвящены выступления митрополитов Крутицкого Ювеналия, Венского Иринея (Зуземиля), архиепископов Смоленского Кирилла (Гундяева; ныне Патриарх Московский и всея Руси), Саратовского Пимена (Хмелевского) и Ярославского Платона (Удовенко), прот. Василия Стоянова, свящ. Виталия Шастина и иером. Илариона (Алфеева; ныне митрополит). Архиеп. Платон предложил обратиться с пастырским словом ко «всем православным русским людям, находящимся в юрисдикции так называемой «карловацкой» Церкви». Архиеп. Кирилл выразил возмущение агрессивными акциями Зарубежного Синода, открывшего свои приходы в СССР, но в то же время сказал, что уход раскольников окажет очистительное влияние на состав духовенства РПЦ, выведя нездоровые силы из Церкви. Участники Собора обсуждали требования руководства Зарубежной Церкви, предъявленные как условия для начала общения с Московским Патриархатом: отказ РПЦ от экуменического диалога с инославными Церквами, осуждение «Декларации» 1927 г. митр. Сергия (Страгородского; впосл. патриарх Московский и всея Руси) о лояльности к советским властям, прославление в лике святых Собора новомучеников и исповедников Российских, от богоборческой власти пострадавших, канонизированных 1 нояб. 1981 г. Архиерейским Собором РПЦЗ по неполным и часто ошибочным данным. Архиеп. Кирилл (Гундяев), дав обзор этим требованиям в своем выступлении, выразил мнение о преждевременности вынесения решения по вопросам, которые не являются для РПЦ основанием для разделения с Зарубежной Церковью.
П. С. отметил в своих определениях благоприятное развитие взаимоотношений Церкви и гос-ва и выразил надежду, что готовящийся закон «О свободе совести...» обеспечит Церкви конституционные условия для ее миссии. Собор констатировал серьезное обострение взаимоотношений с Римско-католической Церковью из-за униат. проблемы на западе Украины. Признавая право униатов на легальное существование, Собор признал недопустимым проявление ими насилия по отношению к правосл. клирикам и мирянам; также Собор выразил протест против действий местных властей Зап. Украины по дискриминации граждан правосл. вероисповедания, вмешательству во внутрицерковные дела и посягательству на законные права правосл. Церкви. П. С. осудил действия укр. раскольников-автокефалистов, нарушивших церковный мир в Зап. Украине, и призвал всех уклонившихся в автокефалистский раскол к покаянию и восстановлению церковного мира. Синоду было поручено образовать специальную комиссию по Зап. Украине. Касаясь отношений с Русской Зарубежной Церковью, П. С. осудил предпринятые епископатом РПЦЗ действия по «сеянию смуты и нового раскола уже на территории нашей Родины» и отверг «незаконные притязания, изложенные в последних документах Русской Зарубежной Церкви». Более кратко основные установки, данные в соборных определениях, были изложены в «Послании Поместного Собора возлюбленным о Господе пастырям, честным инокам и инокиням и всем верным чадам Русской Православной Церкви».
В тот же день, 8 июня, по окончании дискуссии, в 17 ч. в Успенском соборе лавры было совершено прославление прав. Иоанна Кронштадтского: избранный патриарх Алексий II в сослужении членов Синода совершил последнюю панихиду и 1-й молебен св. прав. Иоанну Кронштадтскому. После этого на последнем соборном заседании избранный патриарх Алексий II выступил с заключительным словом, подвел итоги работы П. С. и объявил его закрытым. 9 июня в патриаршем Богоявленском соборе в Елохове избранный патриарх Алексий II в сослужении членов Синода совершил панихиду по почившим предстоятелям РПЦ. 10 июня в Богоявленском соборе за Божественной литургией состоялась интронизация новоизбранного патриарха, которому сослужили католикос-патриарх всей Грузии Илия II (Гудушаури-Шиолашвили), представитель патриарха Антиохийского при патриархе Московском Филиппопольский еп. Нифон (Сайкали; ныне митрополит), члены Синода РПЦ и многочисленное духовенство.
На Поместном Соборе 1990 г. впервые после Поместного Собора 1917-1918 гг. проблемы церковной жизни обсуждались откровенно и свободно, без вмешательства гос. органов. По окончании Собора митр. Антоний (Блум) отметил: «Сейчас на Архиерейских Совещаниях и Соборах говорят такие вещи, о которых совсем недавно нельзя было даже размышлять». Архиеп. Пимен (Хмелевский) заявил: «Это выдающийся Собор по сравнению с предыдущими - во-первых, из-за свободной процедуры избрания Патриарха… Архиерейский Собор выдвинул три кандидатуры, серьезно взвесив возможности каждой из них. Дело ведь не только в демократической процедуре самой по себе, а в том, чтобы Патриархом стал действительно достойнейший. Поэтому не следует смущаться тем, что не прошли четыре кандидата, выдвинутые дополнительно Поместным Собором: это доказывает только то, что Архиерейский Собор действительно предложил достойных кандидатов, проявив архипастырскую мудрость. Второе выдающееся деяние нашего Собора, которого православные ждали десятилетия,- канонизация отца Иоанна Кронштадтского. И наконец, третье, что я хочу отметить,- широкая дискуссия по проблемам церковной жизни. Церковь вступила в совершенно новую эпоху» (ЖМП. 1990. № 10. С. 15). Еп. Антоний (Черемисов; ныне митрополит) выразил мнение, что «этот Собор - историческое событие в истории нашей Церкви. Со времени 1917 года такого Собора мы не вспомним. Все было проведено совершенно канонически, без всякого нажима со стороны. Это первые после Святейшего Патриарха Тихона свободные выборы Патриарха в советское время» (Там же. С. 18). По свидетельству В. К. Егорова, в 1990-1991 гг. помощника Президента СССР по вопросам культуры и религии, решение о невмешательстве СДР в проведение П. С. и выборов патриарха Московского и всея Руси было принято лично президентом Горбачёвым (Архив ЦНЦ).